서울과학고는 1989년에 처음 입학생을 유치하여 1992년에 처음 졸업생이 나왔음.
1회에는 아무도 의대를 가지 않고, 대부분 KAIST, 서울대 자연대, 공대 등으로 진학하였음.

1994년 대학입시
입학생 180명 중
이미 36명은 2학년 때 KAIST로 조기진학

남은 졸업 144명 중
서울대 126명 - 자연계 전국수석 포함
일부 포항공대
연세대 3명
고려대 6명

1996년에도 자연계 전국수석 배출.
1997년 입시에서는 재학생, 졸업생 포함 130명 서울대 지원자 전원 합격.
당시 서울대 전기과나 기계과에는 서울과학고 졸업생만 한 학년에 3~40명.
이런 경향이 1998년 입시까지 지속되었음.

국제올림피아드 출전 및 수상도 그야말로 서울과학고의 독무대.

이전까지는 자연대, 공대로 갈 경우 비교내신이라고 하여 수능성적으로 내신적용을 해 줬음.
(즉, 수능성적이 전국 내신 1등급들의 점수이면 그대로 1등급으로 적용)

그런데 갑자기 1999 입시부터 과학고 내에서도 내신을 일반고와 동일하게 적용하겠다고 한 후
(과학고 하위 3%는 일반고 꼴찌와 동일하게 내신 15등급 적용 - 그런데 얘는 수능보면 전국 1등급임)
과학고생들이 집단 반발하여 자퇴 후 검정고시로 대학진학.

그리고 이때부터 당시 시대상과 맞물려 자퇴하고 의대로 진학하는 학생비율이 유의미하게 높아짐.
2000년대 초중반에는 서울의대 한 학년 180~200명 중 20명 이상이 서울과학고 출신.

그래도 1999~2006년까지 졸업생 중 설포카 비율이 81.1%, 연고대까지 합쳐서 91.5%

이후 영재고로 전환되어 서울이 아닌 전국에서 입학생을 뽑기 시작함.

단순히 서울대 입학생 수가 아닌 재학생 대비 진학률로만 따지면 개교이래 아예 경쟁상대가 없는 수준.