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Date 2021/10/14 12:33:18
Name 해바라기
Subject [일반] 이공계 대학원생을 위한 논문 쓰는 팁 (수정됨)
안녕하세요. 이공계 대학원생입니다.
어제 논문이 억셉되고 나서 들뜬 마음에 김박사넷에 글을 썼는데, 반응이 좋길래 제 마음의 고향인 여기에도 글을 남깁니다.
작년 여름에 코로나로 결혼식이 미뤄지고, 제가 하고 있는 연구와 유사한 논문이 중국에서 나오고......
멘탈이 너덜너덜했을 때 많은 분들이 위로해 주신 것에 감사드려요.
덕분에 결혼식도 잘 했고, 하고 있었던 연구는 어제 억셉이 되었고, 또 다른 연구도 마무리 단계에 있습니다.
제 글이 조금이나마 도움이 되시기를 바랍니다.


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몇 년 전에 제가 논문을 처음으로 쓸 때
정말 어떻게 써야할지 막막해서 선배들에게 붙잡고 물어봤습니다.
돌아오는 대답이 “그냥 쓰다보면 알게 돼” 였거든요. 야속하더라구요.

네. 이제는 조금 쓰다보니 알게되었습니다.
그래서 논문 쓰는게 막막하신 분들에게 제가 아는 팁을 공유드립니다.
생명과학 분야를 기준으로 설명드리겠습니다.

1. 필요한 프로그램

워드, 파워포인트, 엔드노트, Grammarly, 그래프패드(유료), Quillbot, Turninit(유료), 포토스케이프, 구글 번역

워드, 파워포인트의 팁은 뒤에서 설명하겠습니다.

엔드노트: 단순히 reference를 넣는 프로그램으로 한정짓기엔 아까운 프로그램입니다. 보고 계시는 논문(PDF)을 정리하는 프로그램으로 사용하시면 더욱 좋습니다.
이미 다운받은 논문(PDF) 정리: File -> Import -> File 또는 Folder -> Import file에 이미 다운받은 PDF 또는 폴더 선택 -> Import option: PDF 선택 후 OK => 가지고 있는 논문의 서지사항을 (절반 이상의 확률로) 자동으로 넣어줍니다.
서지사항 다운: 가장 편한 것은 Pubmed입니다. 구글 또는 펍메드에서 논문 검색 후에 pubmed 사이트 -> Actions “Cite” 클릭 -> Download 클릭 -> 다운 후 열기
펍메드가 아닌 각 저널의 사이트면 “Download citation”, “Export” 등의 버튼을 찾아서 다운 받으신 후 열면 됩니다. (사이트마다 다~ 다릅니다)
서지사항 자동 PDF 다운로드: 서지사항 우클릭 후 Find full text -> (유료 구독 논문 제외하고) 자동으로 PDF를 다운해서 서지사항에 연동시켜줍니다. 이건 생각이상으로 위대한... 기능입니다. 써보셔야 합니다.
서지사항 업데이트 (처음 online 버전으로 나오고, 추후 volume, issue, page가 정해질 때 사용하면 좋은 기능입니다): 서지사항 우클릭 후 Find reference update 클릭
본문 검색: 제가 이번 논문에 in silico라는 단어를 써보고 싶었습니다. 이 단어에 적합한 문장 구조나 호응하는 주어, 동사, 부사가 무엇인지 알고 싶었습니다. 이때 쓰는 기능이 본문 검색이었습니다. Advanced search -> PDF -> in silico 검색. 이렇게하면 가지고 있는 논문의 본문에서 in silico를 검색해 줍니다. 구글에서는 대부분 제목과 abstract까지만 찾아주는 데, 이를 극복할 수 있는 꿀팁이죠. 이를 잘 써먹기 위해서라도 엔드노트에 PDF로 논문을 잘 모아두세요. 큰 자산이 됩니다. (제 가장 큰 자랑을 하자면, 엔드노트에 7500개의 PDF가 있는 것입니다. 물론 중복된 것도 있지만, 그걸 빼더라도 6000개는 넘는 것 같네요. 누적의 힘은 정말 위대합니다. 진짜요)
위의 기능만 잘 사용해도 엔드노트에서 논문 검색하고, 논문 읽고, 정리하실 수 있습니다. (지금 일일이 폴더 만들어서 논문 PDF 정리하고 계신분들은 반드시 엔드노트 쓰세요. 두 번 쓰세요)

Grammarly: https://www.grammarly.com/office-addin 들어가신 후에 설치하셔서 워드에 연동시키세요. 유료(프리미엄)는 1년 써봤는데 크게 도움이 안되었습니다. 그냥 무료버전 쓰셔도 됩니다. 기본적인 오타, 문법들을 다 잡아줍니다. 워드가 빨간줄 그어주는 것보다 훨씬 낫습니다.

그래프패드: 유료 프로그램이고, 비싸지만, 쓰시기를 권장합니다. 개인으로 구매하시든, 실험실에서 구매해서 같이 쓰시든 꼭 쓰세요. 직관적이고, 통계처리하기에 쉽고, 나중에 그래프 크기나 형태를 변형하실 때 매우 좋습니다. 저는 그래프패드 내에서 arial, 폰트크기 14, 세로 5 cm로 그래프를 제작한 후, PPT로 복사하고, 개체의 크기를 50%로 합니다. 그러면 PPT에서 arial, 폰트 크기 7로 일관적이게 쓸 수 있습니다.

Quillbot: https://quillbot.com/ AI 기반의 패러프레이징 사이트입니다. 빈약한 어휘력으로 매번 같은 표현을 쓰는 저에겐 단비같은 사이트입니다.

Turninit: 표절 검색 프로그램입니다. 국문 논문에 카피킬러가 있다면, 영어 논문은 턴인잇이 있죠. 본인이 참고한 논문이 무엇인지 적나라... 하게 잘 알려줍니다. 표절을 정의하기는 어렵습니다만, 문제의 소지가 있다면 패러프레이징 하시길 권장드립니다. 유료입니다만 학교 도서관에서 아이디를 구매했을 확률이 꽤나 높습니다. 학교 도서관 홈페이지나 전화로 문의하셔서 사용이 가능한지 여부를 확인해보세요.

포토스케이프: http://photoscape.co.kr/ps/main/download.php 사진 데이터 (특히 웨스턴) 쓰시는 분들은 꼭 사용하세요. 두 번 쓰세요. 맨날 웨스턴 밴드가 기울어져 있으신 분들은 이 프로그램 쓰시고 신세계를 맛보신 후에, 저한테 절해주세요. 미리 감사합니다.

구글 번역: https://translate.google.co.kr/?hl=ko 다들 잘 쓰고 계실텐데, 팁을 드리면 한글로 완전한 문장을 쓰시는 것이 좋습니다. 당연하지만, 번역된 영어는 다듬으셔야 합니다. 아래에 써놓은 어휘들을 참고해주세요.

2. 데이터 정리 및 통계 처리

2.1. 데이터 그림 정리

PPT에 하시면 됩니다. PPT가 생각보다 괜찮습니다.

- 파일 -> 옵션 -> 고급 -> 파일 이미지 압축 안함 체크
- 디자인 -> 슬라이드 크기 -> 사용자 지정 -> 슬라이드 크기: A4 (세로).
- Arial, 글씨크기 10 (데이터가 많으면 8, 더 많으면 7).
- 쏠쏠한 단축키: Ctrl + Shift + 좌클릭 => 개체복사 기능인데 같은 자리에서 복사됩니다. 파워포인트 위에 쓴 label을 복사할 때 이보다 좋은 것은 없습니다 (써보시면 무슨 말인지 압니다).
- 상하좌우 0.5 cm 정도 여백을 주면 그림을 보기가 더 편합니다. 18 cm x 24 cm 크기의 직사각형을 한가운데에 그려놓고 그 밖을 넘어가지 않게 데이터를 배치하시면 됩니다.

2.2. 통계 처리 (그래프패드 쓰세요. 대체품으로는 SPSS, Origin, R 등이 있습니다. 엑셀은 조금 곤란합니다...;;)
2개 비교: Student t-test
3개 이상 비교: One-way ANOVA
2개 조건에서 실험 (예: genotype x diet): Two-way ANOVA
같은 개체를 여러번 측정 (예: 몸무게, 키): Repeated measure ANOVA
데이터가 엄청 많음: Heatmap
두 변수 상관 분석: X-Y 그래프 그린 후 pearson correlation


3. 타겟 저널 정하기

데이터가 정리되면 자기 객관화의 시간을 가지셔야 합니다. 에디터에게 리젝 당하기 전에 본인 스스로 리젝하는게 덜 상처 받잖아요... ㅠㅠ
그리고 더 중요한 것은 본인의 논문을 어떻게 어필할 것인지 고민하는 것입니다. 상위 저널에서는 광범위한 분야의 독자들에게도 의미가 있는 논문을 요구합니다. 본인의 연구가 어떠한 면에서 의미가 있는지 연구를 하는 초기부터 고민하는 것이 이상적입니다. 연구 중반에 방향성을 수정할 때도, 연구 후반에 하이라이트를 정할 때도 본인 연구의 강점과 의의를 고민하시는게 좋다고 생각해요. 리젝을 두려워하실 필요는 없지만, IF 5 저널도 어려운 논문을 30점 이상부터 투고하기 시작해서 10번 이상 리젝을 당하고, 6개월 이상의 시간을 에디터 리젝만 당하고, 마지막으로 투고한 저널에서 마이너 리비전만 받고 허탈해하는 주변 사람들을 보면서, 저널 선정에 중요함에 대해 생각해보기 시작했습니다. 허탈함을 넘어서서 아카데미 분야에 회의를 느끼고 원래 진로였던 아카데미 분야를 떠나는 사람들을 보면서, 리젝은 적당히 당하는게 좋겠다는 마음을 먹었습니다.

사실 타겟 저널 정하는 것과 impact factor에 대해서는 피지알에 상주하는 많은 고학력자 눈팅 유저분들과 이야기를 나눠보고 싶습니다. 다만 본 글의 주제는 아니니, 조금 더 정리해서 글을 새로 파볼 생각입니다.

제 분야를 기준으로 설명드리겠습니다.

- Cell, Nature, Science: 이 글을 보고 계신 분들은 어차피 여기는 생각도 안하시는 것 압니다. 저도 마찬가지입니다.
- Impact factor 20이상 (Impact factor는 https://jcr.clarivate.com/jcr/home 에서 보실 수 있습니다.): Broad conceptual advance가 있어야 합니다. 즉, 본인이 속한 field의 개념을 진전시킬 수 있는 논문이어야 합니다. 무슨 말인지 모르시겠다면, 논문 제목에 연구한 유전자 이름이 들어가면 specific conceptual advance에 가깝지, broad conceptual advance가 대체로 아니라고 보셔도 됩니다. 이러한 저널을 목표로 삼으셨다면 최소한 연구의 중반부터는 내 논문이 어떠한 점에서 broad conceptual advance, 즉 내 분야가 아닌 사람이 보더라도 흥미와 의미를 발견할 수 있는지 많이 고민해보셔야 합니다.
- Impact factor 10 이상: Tissue-specific genetic model + RNA-seq 또는 이에 준하는 omics + 이외 다양하고 탄탄한 연구 결과 + 본인이 속한 field의 유행에서 5년 이상 뒤처지지 않음 (Introduction에 인용한 논문의 대부분이 2016년 이후에 나온 것이어야 합니다). 생명과학 쪽 분야는 저널의 IF를 높이기 위해서라도 최근 연구의 유행에서 벗어나는 것을 그렇게 좋아하지 않아보입니다. 개인적으로 유행을 따라가는 것에 대해 찬성하지는 않지만, 투고하는 '을'의 입장에서는... 따라갈 수 밖에 없지요...
- Impact factor 5 이상: 특정 유전자의 역할을 특정 맥락에서 gain-of-function (overexpression)과 loss-of-function (knockdown, knockout)으로 충실하게 증명한 논문입니다. 또한 기전적 이해가 동반되어야 합니다.
예를 들어 특정 유전자가 특정 암에서 어떤 역할을 하는지를 다음과 같은 실험으로 분석하시면 됩니다. 1) 정상세포/조직과 암세포/조직에서 유전자의 발현량 (+ TCGA 분석), 2) Overexpression 및 knockdown 후 세포 분열 (CCK assay 등), 콜로니 형성, qRT-PCR, Western blot 분석, 3) 특정 유전자가 암세포의 분열을 촉진/억제하는 기전 규명. 이를 논리적으로 풀어내면 IF 5 이상의 논문은 충분히 도전해볼만 합니다.

대략적인 기준을 잡으셨으면, 구체적으로 저널을 정하세요. 연구실 선배들이 많이 낸 저널을 먼저 생각해 보시면 좋습니다. 각 저널들마다 추구하는 방향성과 범위가 모두 다릅니다. 이를 파악하는게 중요합니다. 저널 사이트에 들어가서 1년여간 출간된 논문의 제목을 다 읽으시고, 본인의 연구 내용으로 그와 비슷한 수준의 제목을 쓸 수 있는지 판단해 보세요.

구체적인 저널을 마음속으로 정했다면 Author guideline을 읽으시고 준수하시면 됩니다. 아니, 준수하셔야 합니다. 저널 가이드라인에는 분명히 initial submission에는 굳이 저널의 형식을 지키지 않아도 된다고 쓰여있긴 하지만, 사실 이건 거짓말에 가깝습니다. 정성을 들여서 에디터를 감동시키는게 생각보다 중요합니다. 예를 들어 Nature 계열은 영국식 영어에 Fig. 1a, 라고 쓰고, Cell 계열은 미국식 영어에 Figure 1A라고 씁니다. 본인이 Nature 계열 editor라고 생각해 보세요. 만약 투고된 논문이 Cell 계열의 형식과 표현이라면 성의가 없어보이겠죠. 압도적으로 좋은 데이터가 아니라면 에디터는 원고를 reject 시키는게 그리 아쉽지 않을 수 있습니다. 네이처 커뮤니케이션만 해도 1년에 5만 편 이상이 투고되는걸요. 본인의 지도교수가 1년에 한 편 씩 Cell, Nature, Science를 쓰는 대가가 아니라면, 에디터에게 성의를 보이시는게 중요합니다.


4. 논문 쓰기

일반적인 가이드라인입니다. 대충 아래와 같이 써보시고 고쳐나가시면 됩니다.

4.1. 연구실에서 나온 논문 읽기

연구실에서 나온 논문을 왠만하면 다 읽기를 권장합니다. 다 읽으시고 공통적인 특성을 분석하세요. 지도교수님이 쓰는 논리 전개, 표현 등을 알 수 있습니다. 논문이 너무 많다면 지도교수님의 박사과정/포닥 논문, 최근 5년간 연구실에서 나온 논문은 읽으시기 바랍니다.

4.2. 논문 작성

구체적인 예를 들어서 설명하는게 훨씬 좋은데, 익명 게시판의 특성상 그렇게 하기 어렵다는 것을 이해해 주시면 감사하겠습니다.

4.2.1. Times new roman, 글씨 크기 12, 줄 간격 2.0

4.2.2. 제목: 15 단어 이하
제목은 엄청 중요합니다. 같은 내용이어도 제목에 따라 갈 수 있는 저널이 달라질 수 있습니다. 아니, 달라집니다. 위에 말했듯, 본인이 희망하는 저널에서 1년 간 나온 논문의 제목을 모두 읽고 분석하셔서, 그에 준하는 제목을 정해주세요.

4.2.3. Summary/Abstract: 150 단어 이하
첫째 문장: 무엇무엇이 어떠어떠한 맥락에서 중요하다. 연구한 내용의 범위 또는 맥락을 한정지어주세요.
둘째 문장: However, 이러이러한 것들이 알려지지 않았다. 요즘에는 However 문장을 생략하고 바로 Here, we show that 으로 시작하기도 합니다.
셋째 문장: Here, using 본인이 사용한 실험적 기법 중 특기할만 한 것들, we show that
넷째 문장: 연구 앞 절반을 요약하는 내용
다섯째 문장: 연구 뒤 절반을 요약하는 내용
여섯째 문장: Taken together/Collectively, 연구 의의

4.2.4. Introduction: 4문단, 워드 2장 이하 (네이처 계열은 500단어, 3문단, 1.5장 이하)
글은 역삼각형의 형태로 쓰시는게 좋습니다. 넓은 주제로부터 점점 구체적인 주제로 점진적으로 차근히 좁혀나가는 것이 읽기에 좋습니다. 이거는 문단 수준과 문장 수준에서 모두 필요합니다. 즉, 문단으로 분석해도 점점 좁혀가는 형태, 문장으로 봐도 점진적으로 구체적인 수준으로 전개해 나가는 것이 좋습니다.

첫째 문단: 연구 분야. Abstract 첫째 문장을 상세히 설명.
둘째 문단: 본인이 연구한 분야에서, 연구한 유전자 family (예: 전사인자, 인산화효소 등)의 중요성 소개
셋째 문단: Abstract 둘째 문장을 상세히 설명. 즉, 본인이 연구한 유전자의 알려진 점과 알려지지 않은 점, 연구의 질문 제시
넷째 문단: Abstract 셋째 문장을 상세히 설명. 질문을 해결하기 위해 사용한 방법론을 제시 (논문의 데이터를 요약할 필요는 없음)

4.2.5. Results: Figure 당 1장 이하 (panel 아님)
Results는 분야마다 너무 다르기에, 대신 어휘 사전을 드립니다. 자세한 뜻과 뉘앙스가 모두 다르기 때문에, 사전과 쓰임새를 찾아보신 후, 맥락에 맞게 적당히 돌려가면서 쓰시길 바랍니다.

증가와 관련된 어휘: Increase, upregulate, enhance, potentiate, facilitate, promote, stimulate, elevate, augment, enrich, aggravate, accelerate, expand, extend, enlarge, rise, alter
감소와 관련된 어휘: Decrease, downregulate, inhibit, prevent, repress, suppress, abolish, nullify, attenuate, knockout, diminish, mitigate, ameliorate, alleviate, restrain, dampen, reduce, lower, eliminate, lessen, shrink, minimize, cut down, alter
조절과 관련된 어휘: Regulate, affect, modulate, control, modify, fine-tune, orchestrate, involve, govern, contribute, manage, stabilize, adjust
규명과 관련된 어휘: Examine, investigate, analyze, explore, test, characterize, elucidate, evaluate, monitor, study, dissect, clarify, address
처리와 관련된 어휘: Treat, administrate, inject, incubate
발견과 관련된 어휘: Exhibit, show, observe, identify, reveal, provide, find, prove, uncover, unveil, demonstrate, illustrate, illuminate
관련과 관련된 어휘: Associate, correlate, implicate, in this regard, in line with, consistently, consistent with, accompanied by
제안과 관련된 어휘: Suggest, imply, postulate, hypothesize, speculate, indicate, propose, reinforce, assume
추가와 관련된 어휘: In addition, also, further, furthermore, moreover, additionally, besides, finally, likewise, similarily
주목과 관련된 어휘: Notably, of note, interestingly, intriguingly, surprisingly, to our surprise, unexpectedly, highlight
확인과 관련된 어휘: Confirm, affirm, verify, validate
비교와 관련된 어휘: Compared to, than, relatively, highly, potently, remarkably
전제와 관련된 어휘: As, given that, since, because (of)
반전과 관련된 어휘: However, but, while, whereas, although, despite, nevertheless, nonetheless, conversely, meanwhile, notwithstanding
정리와 관련된 어휘: Collectively, taken together, together, therefore, thus, hence, indeed

4.2.6. Discussion: 왕도가 없습니다. 저널마다, 논문마다, 지도교수의 스타일마다 다 다릅니다. 지금 저도 discussion을 쓰고 있지만, 도무지 어떻게 써야할지 모르겠습니다. 그래도 논문의 의의는 써야겠지요? 제가 쓰는 방법을 알게되면 수정해보겠습니다.


5. 잡다한 팁들

엑셀: Vlookup 함수는 꼭 배우세요. 구글에 vlookup 함수 검색하시면 사용 방법이 나옵니다. 배우시면 두고두고 쓸 일이 있으실겁니다.

파워포인트: 정렬 기능을 자주 사용하세요. 그리고 위에서 말한 Ctrl + Shift + 좌클릭 많이 쓰세요. 아래 첨자: Ctrl + = , 윗첨자: Ctrl + Shift + =. 이건 마이크로소프트 오피스 공통 단축키입니다.

오탈자: Grammarly 자주 사용하세요. 그리고 꼭 프린트 해서 종이로 보세요. 안보이는 오탈자가 많이 보입니다.

Public microarray: GEO2R과 vlookup 함수를 쓰면, 데이터셋을 사용할 수 있습니다. 값이 모두 14이하이면 log2로 표준화 된 값이고, 14 이상의 값이 존재하면 실수값입니다.

Public RNA-seq: Supplementary data에 FPKM/RPKM/TPM 등이 있으면 쓰시고, 아니면 galaxy를 쓰시면 되기는 하는데.... Public RNA-seq 데이터는 생각보다 쓰기 까다롭습니다.

Public single cell RNA-seq: https://satijalab.org/seurat/ 들어가셔서 RStudio를 까시고, tutorial을 돌려보시기를 바랍니다. 어찌어찌 하실 수 있습니다.

구글 스콜라: 본인의 이름(1저자 상관없이)이 들어간 논문이 3개 이상 되신다면, 구글 스콜라에 가입하세요. 구글에서 본인의 낸 논문과 관련한 최근 연구들을 찾아서 제시해줍니다. 펍메드나 구글에서 이번주에 나온 논문을 검색하는게 쉽지 않은데, 구글 스콜라는 그걸 해줍니다.

써볼법한 퍼블릭 데이터베이스
- EnrichR: https://maayanlab.cloud/Enrichr/ Gene ontology 검색할 때 써보세요
- String: https://string-db.org/ 여러 유전자 (예: RNA-seq에서 증가한 유전자 200여개)들의 관계를 파악하고 그림으로 표현하기에 좋습니다.
- Alphafold: https://alphafold.ebi.ac.uk/ 단백질 구조 예측. 알파고로 유명한 딥마인드에서 만든 사이트입니다. 잘만 사용하면 정말 좋을 것 같습니다. 특정 아미노산 mutagenesis 한 후에 그림으로 보여주기에 좋을 것 같아서 저도 고려해보고 있습니다.
- PhosphoSitePlus: https://www.phosphosite.org/homeAction 항체로 유명한 Cell Signaling 에서 만든 사이트입니다. 출간된 mass spectrometry data를 다 모아모아 인산화, 유비퀴틴, 아세틸레이션 등의 post-translational modification을 다 알 수 있습니다.
- Gene Expression Portal (GTEx): https://gtexportal.org/home/ 사람의 (거의) 모든 조직에서 SNP, RNA-seq 및 여러 seq들을 올려놓은 사이트입니다. eQTL에 관심있으신 분들은 꼭 사용해보세요. Version 9까지 나왔는데 엑셀에서는 version 8, 9가 안열립니다...;; Version 7만 쓰셔도 충분합니다. https://storage.googleapis.com/gtex_analysis_v7/rna_seq_data/GTEx_Analysis_2016-01-15_v7_RNASeQCv1.1.8_gene_tpm.gct.gz 링크 타고 가셔서 다운 받으시면 됩니다.
- 암 포탈 (TCGA): https://portal.gdc.cancer.gov/ 암 연구하시는 분들은 꼭 사용해보세요. 몇 년 안 들어가봤더니 지금은 어떻게 써야할지 저도 잘 모르겠네요...... 이전에 요긴하게 썼었습니다.
- 제2형 당뇨병 포털: https://t2d.hugeamp.org/ 당뇨병 연구하시는 분들은 꼭 사용해보세요. 특정한 유전자와 당뇨병 및 대사질환과의 관계 (eQTL)을 알려줍니다.
- Single cell RNA-seq: https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/ 사람의 20개 조직에서 수행한 single cell RNA-seq 데이터 포탈입니다.
- Rare SNP 찾기: https://gnomad.broadinstitute.org/ Deep Exome sequencing을 통해 사람 단백질의 rare mutation을 모두 검출한 데이터를 제공하는 포탈입니다.
- Sci-hub: https://sci-hub.ee/ 유료 구독 저널의 논문을 볼 수 있는 사이트입니다. 모든 저널에서 저격을 하다보니 사이트 주소가 자주 바뀝니다. 구글에서 Sci-hub 검색하신 후에 들어가시는 것을 추천합니다.


6. 나가며

언젠가는 한 번 써보려고 했던 글인데, 생각보다 두서없이 글을 쓰게 되었네요. 나중에 시간이 되면 더 성의를 들여서, 예시를 쓰면서 글을 수정해보도록 하겠습니다. 막상 글을 써보니 저도 제가 쓴 방법들을 모아놓기 좋네요. 팁이 추가되면 글을 계속 수정해보겠습니다. (디스커션 쓰는 방법은 꼭 제가 깨우쳐서, 글을 수정하도록 하겠습니다...!)
모쪼록 이 글이 도움이 되는 분이 있기를 희망합니다.
감사합니다.

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우주전쟁
21/10/14 12:36
수정 아이콘
(수정됨) 앞으로 죽을 때까지 논문이란 걸 쓸 일은 없겠지만 많은 분들에게 도움이 되었으면 좋겠습니다...
Rorschach
21/10/14 12:42
수정 아이콘
제가 공부했던 분야는 기본적으로 LaTeX로 논문을 작성해서 인문/사회 쪽은 몰라도 이공계 쪽은 당연히 텍을 쓸 줄 알았는데 아니더라고요 크크
잠시 다른 분야로 와서 논문 작성에 참여할 때 '논문을...... 워드로 써?' 라고 당황 했었...
NoGainNoPain
21/10/14 12:44
수정 아이콘
LaTeX이 출판물을 보면 깔끔하긴 한데 편집하면서 출력물을 바로 확인할 수 없다는게 가장 큰 단점이죠.
아무것도 없는 맨땅에서 그럴듯한 출판물 틀을 만들기가 어렵기 때문에 기존의 잘 만들어진 LaTex 파일을 가지고 있어야 한다는 것도 단점이구요.
에디터들은 WYSIWYG 기능을 갖추는게 당연하지 않느냐라는게 최근 사람들의 생각일 겁니다.
해바라기
21/10/14 12:48
수정 아이콘
LaTeX, Adobe illustrator는 잘 안 써본 툴이라서 잘 모릅니다... 표지 제출하려면 AI나 포토샵을 써야하는데, 미리 배워둘 걸 그랬습니다...
Weinberg
21/10/14 12:55
수정 아이콘
저희도 latex이 표준이지만 분야마다 너무 천차만별이죠. 같은 학과인도 저희 분과는 1저자 개념도 없고 네이쳐는 신경도 안 쓰지만 옆분과는 네이쳐 자매지 하나 내보려고 기를 쓰지요.
차라리꽉눌러붙을
21/10/14 12:56
수정 아이콘
(수정됨) 레이텤 써 보려고 했는데... 2010년 이후 기준으로 워드로도 할 수 있는 것들이 많아서 굳이 이걸 배워가면서???
이런 느낌입니다......
저널 샘플 양식이라고 주는 데도 대부분 워드 양식이고요......
해바라기
21/10/14 12:58
수정 아이콘
아.. LaTex를 레이텍이라고 읽어요? 지금까지 라텍스라고 생각했는데;;;;;
차라리꽉눌러붙을
21/10/14 13:18
수정 아이콘
개발자?왈...마지막 글자가 영어 엑스가 아니고 희랍글자 카이(chi)라고 합니다~
해바라기
21/10/14 13:36
수정 아이콘
감사합니다!
Weinberg
21/10/14 13:21
수정 아이콘
강세가 오면 a를 에이로 발음하는 경우가 많죠. 쉬운 예로 label, able, tomato 등등이 있습니다.
해바라기
21/10/14 13:36
수정 아이콘
저는 라텍스 장갑을 착용할 일이 많다보니....... 자연스럽게 라텍스로 읽었었어요 흐흐
21/10/14 15:30
수정 아이콘
영어권 화자 기준으로 제가 가장 많이 들어본 버전은 laatec입니다. 앞쪽은 라(laa), 레이(lei), 한글로 적기는 애매한 러/르/루가 섞인 발음 순서로 많이 들어봤고(l+schwa), 뒷쪽은 텍(tec)과 한글로 차이를 적기 힘든 그 변형들이 주류이긴 하나 텍스(tecs) 계통도 어느 정도 들어봤습니다. 이처럼 사람마다 지멋대로 읽는 LaTeX와는 달리 latex 매트리스, 장갑 등은 다들 레이텍스라고 합니다.

컴퓨터 관련 용어는 만든놈이 뭐라고 발음하든 간에 사람들이 지맘대로 읽기 배틀을 하다가 결국 주로 쓰는 형태가 어느 정도 정해지는 경향이 있는데(예를들어 sudo 같은건 만든놈은 자기가 만들때 생각했던 어원-superuser do-상 수두파인데, 실제론 수도파가 거의 점령했습니다), 체감상 LaTeX는 아직 완전히 승부가 나지 않은 느낌입니다.
jjohny=쿠마
21/10/14 15:40
수정 아이콘
헉 '레이텍' 발음 말고 유력 주자들이 있었다니, 그건 몰랐네요.
이상해꽃
21/10/14 13:02
수정 아이콘
이학계열인데 Latex 쓰는사람은 수식 많이쓰는 연구실 아니면 안쓰라고요.. 저도 Latex은 워드보다 쉽게 쓰는 편이지만 왜 Latex으로 써야하는지 이해가 안되고...
Weinberg
21/10/14 13:42
수정 아이콘
수식도 수식이지만 참고문헌도 대충 bibtex에 갖다 붙여주면 알아서 해주죠. 엥간한 저널들은 bibtex 제공해주고요.
이상해꽃
21/10/14 14:23
수정 아이콘
bibtex 진짜 좋더라고요 워드도 비슷하게 할 수는 있기는 하지만요.. 그런데 하 저희연구실에서는 bibtex 쓰지 말라고 해서... 하나하나 쳐야하네요ㅠㅠ
21/10/14 12:46
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감사합니다. 저도 latex를 사용하긴 하지만 그래도 꿀팁이 많은것 같습니다. 단지 연구가 제대로 진행이 안되서 논문도 제대로 못쓰고 있네요 흑흑..
유목민
21/10/14 12:48
수정 아이콘
그래프를 손으로 그려서 오려 붙여 제출했던 때에 비하면
논문 하나 쓰는데도 공부해야 할 프로그램이 정말 많아졌군요..

워드프로그램에 엑셀 그래프(막대 그래프, 오차범위 등등) 넣어서 프린트해서 제출하니
지도교수님부터 조교까지 너무 신기해 하던 것이 정말 몇십년 안되었는데..
회색사과
21/10/14 12:51
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잘 보고 갑니다 -!

저도 레이텍 기반 (오버리프) 로 작업하기는 하는데 언제나 영어가 짧은 게 문제더라구요. 그라말리 꼭 써보겠습니다.

이제 연구만 하면 논문 쓰겠는데…
Promise.all
21/10/14 12:54
수정 아이콘
흑흑 예비 대학원생이 압도적 감사를 표합니다.
협곡떠난아빠
21/10/14 12:58
수정 아이콘
대단하시네요. 연구직에 저도 십년 넘게 있었지만 이런 양질의 도움글은 본적이 없습니다. 감사합니다.
타마노코시
21/10/14 13:00
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지금 과제 보고서 마감에 쫓기는 (11,12월 종료가 5개네요..ㅠㅠ) 입장에서 논문을 놓고 있기를 1년 가까이 됐는데, 그래도 좀 써본 입장에서 3.2를 보강하면
보통 Intro-Methodology-Result-Result/Summary/Discussion 으로 넘어가는 가장 이상적인 분량 배치는 15:25:40:20 정도입니다. 그리고 보통 Major SCI Journal의 경우에 저희 분야에서는 Review나 Letter가 아닌 경우에는 8000단어 내외 정도로 구성이 되어 이것을 통해 큰 틀의 분량을 잡게 됩니다.
그리고 Figure, Table의 설명은 가급적이면 한 문단에서 마무리하는 것으로 써내려가는 것이 첫 논문이나 논문 작성 경험이 적을 때에는 도움이 됩니다.
해바라기
21/10/14 13:06
수정 아이콘
요즘 네이처 자매지는 디스커션에 1~2 문단을 요구하더라구요 (아니, 사이언스나 네이처 본지는 이해가 가는데, 자매지도 그러합디다).
범용성 있게 논문을 준비하려고 하는데 디스커션을 얼마나 써야 하는지.... 이부분이 어렵더라구요. 혹시 꿀팁이 있으신가요?
타마노코시
21/10/14 13:24
수정 아이콘
사실 저같은 경우에는 분야도 분야이다보니, 분야 안에서 탑저널에는 내봤지만 네이처 같은 고급 저널에는 내본 적이 없어서..ㅠㅠ
그래도 보통 discussion에 써야할 내용들은 Revision 전이라면,
1) 본 연구를 수행하면서 얻어낸 연구 결과의 한계점과 개선하기 위한 방안
2) 자료 처리 등을 위한 실험 조건이 실제와 어떻게 다른지
정도가 될 것이고, 추가적으로는 Revision 과정에서 나온 내용 중에 Reviewer의 Comment 중에서 연구논문을 작성하는 본 내용에서는 약간 벗어나있지만 중요한 지적 사항 정도를 적어놓는 것 정도로 많이 활용하네요.
이상해꽃
21/10/14 13:02
수정 아이콘
Latex 쓰셔야하시는 분들은 overleaf로 사용해보시는거 추천드립니다!
21/10/14 13:08
수정 아이콘
본인이 영어가 영 안좋다?
translators.to <- 사용하십쇼
들어가는 순간 아 이거 괜찮겠는데? 싶습니다
리얼포스
21/10/14 13:26
수정 아이콘
오 이거 좋네요.
21/10/14 18:36
수정 아이콘
오우야 사랑해요
고등어자반
21/10/14 13:10
수정 아이콘
구구절절 금쪽같은 조언인데, 중간에 "논문이 너무 많다면 지도교수님의 박사과정/포닥 논문..."은 함정카드 아닙니까?
해바라기
21/10/14 13:14
수정 아이콘
아...... 그걸 생각 못했네요.
함정카드일 수도 있는데, 지도교수가 여전히 그 시대에 머물러 있을 가능성도 있습니다......
조언의 판단은 각자의 몫으로 남길게요;;
유지애
21/10/14 13:15
수정 아이콘
와 감사합니다.
스크랩해서 두고두고 보겠습니다
21/10/14 13:18
수정 아이콘
이런 실전 압축 정보 공유하는게 쉽지 않는데 수고 많으십니다
21/10/14 13:26
수정 아이콘
많은 도움이 될 것 같네요. 감사합니다.
이상하게 글 쓰는 건 좋은데 논문쓰는 건 시르네요 크크
aDayInTheLife
21/10/14 13:38
수정 아이콘
축하드립니다!
학부생은 그저 존경의 대상..
부친토로
21/10/14 13:41
수정 아이콘
꿀팁 감사합니다... 암 연구하시나 보네요. 인기 많고 연구가 활발한 분야에 있으면 스트레스도 만만치 않을 것 같습니다. 논문은 하나 쓰고 나면 '아 이제 논문쓰는 법 좀 알겠다' 싶다가도 다음 논문 쓰려고 하면 또 아무것도 모르겠더라구요. 디스커션은 내 결과를 가지고 내가 실험하지 않은 부분에 대해서 상상하거나, 아니면 다른 논문을 가지고 와서 끼워맞추거나, 예전에 나온 논문들과 다른 결과가 나왔다면 그 이유, 앞으로 더 필요할 것 같은 연구들에 대해서 썰을 풀다 보면 어찌저찌 분량이 나오더라구요. 물론 나의 상상력에 심취해서 막 쓰다가 '나는 왜 책임도 못질 소리를 막 던지는가' 하면서 지우고 톤 낮춰서 다시 쓰는 것을 반복합니다...
21/10/14 13:45
수정 아이콘
오 엄청나네요!
lightstone
21/10/14 13:59
수정 아이콘
endnote는 클라우드기반이 아니라 불편함이 있는데 혹시, refworks는 써보셨는지요?
해바라기
21/10/14 14:03
수정 아이콘
그건 안써봤습니다.
Endnote도 online으로 싱크가 가능합니다 (엔드노트 -> Help -> Endnote online).
저는 다 연동시켜놔서 연구실 컴퓨터, 집 컴퓨터, 아이패드에 같은 내용의 엔드노트를 쓰고 있어요.
참고하시면 좋을 것 같습니다 :)
항즐이
21/10/14 17:01
수정 아이콘
Mendeley 추천합니다
리얼포스
21/10/15 00:19
수정 아이콘
저도 엔드노트 쓰다가 Mendeley로 갈아탔습니다.
시노자키 아이
21/10/14 14:00
수정 아이콘
학부라도 일찍 졸업하길 잘했다고 생각드네요....
존경합니다.
괴물군
21/10/14 14:16
수정 아이콘
전 이공계였긴 했지만 한글, 워드, 엑셀, PPT, visio 이렇게 썼던거 같네요 한글은 국내 학회 논문 쓸때 어쩔수 없이 썼었고 워드야 해외 저널 투고할려면 기본이고 직선형 그림이 많아서 visio를 많이 썼었는데 먼가 다른 생소한 프로그램이 많네요

저 같은 경우는 학교내 해리스라는 곳에 유료로 영어문장을 수정했었고 따로 프로그램을 쓰진 않았습니다. 논문 제출에 카피킬러 %제한이 있어서
한번 돌려보고 기존연구의 장을 완전히 뜯어 고쳤습니다.

PDF 정리가 있는건 처음 알았네요 ㅠㅠ 전 일일이 다 프린트해서 주제별 연도별로 3공 바인더에 넣고 일일이 읽어 봤었는데 제가 2013년에 박사학위를 받았으니 그 동안에 먼가 많이 달라진듯한 느낌입니다.
항즐이
21/10/14 17:00
수정 아이콘
음.. 서지정보프로그램은 2000년 초반에도 대학원에 꽤 퍼진.. (애도)

그래도 종이로 읽는게 좋죠
항즐이
21/10/14 17:02
수정 아이콘
Visio도 좋죠. 따로 사야하나... 생각중입니다
괴물군
21/10/14 19:24
수정 아이콘
근데 그 당시 연구실 선배들이 ppt로 그림 그리는거 보고 황당했죠 엑셀과 ppt로 다하는구나 생각에 visio로 그리니 신기하다고 쳐다보시던
21/10/14 14:39
수정 아이콘
서지관리 툴이 많죠. 저는 지금은 조테로를 씁니다. 저 역시 엔드노트로 시작했었는데 무겁기도 하고 저희 직장 drm이랑 충돌나고 오피스 연동할 때 알 수 없는 에러 계속 나고 맥에서도 썩 마음에 안들고 클라우드는 영 미덥지 않고 이리저리 머리 아픈게 많아서... 제 주변에서 잘 쓰시는 분들은 잘 쓰시던데 도저히 적응을 못 했습니다
위에 다른 분이 언급한 레프웍스도 추천합니다.
그리고 본문 중에 그래프패드 저도 강력 추천합니다. 시험판 써보고는 거금 주고 그냥 바로 라이센스 구입했어요. 시각적 자료를 논문에 넣어야 한다면 이만한 툴이 없다고 생각합니다. 비슷한 성격의 무료 솔루션도 찾아보면 있긴 합니다만 만족스러운 녀석이 없네요
21/10/14 15:15
수정 아이콘
저도 조테로에 한표...흐흐
Meridian
21/10/14 15:58
수정 아이콘
저도 조테로로 논문쓰고 있습니다 크크크
모냥빠지는범생이
21/10/14 14:56
수정 아이콘
실전 압축 꿀팁 감사합니다.
21/10/14 15:27
수정 아이콘
아주 좋은 글이네요. 추천 눌렀습니다. 다만 굳이 하나 얘기하자면 이 글은 전체 이공계라기보댜 약간 생명/의학 계열로 치우쳐진 느낌이 있네요.

저널과 임팩트 팩터에 대한 얘기도 대략적인 느낌은 잘 정리해주셨지만 임팩트 팩터만으로 저널 수준을 정뢸하는 것은 여러 문제점을 야기할 수 있기 때문에... 물론 이런 사실을 잘 알고 계시기에 추가적인 논의가 필요하다고 적으셨네요 :)
해바라기
21/10/14 15:58
수정 아이콘
임팩트 팩터에 대해서는 저는 그렇게 좋아하지는 않습니다.
그런데 무시할 수가 없는 엄청난 흐름이니깐요.
옛날 수능 배치표보다 더 한 줄세우기라고 생각합니다.
이걸 대항하고자 만든 eLIFE 저널도 임팩트 팩터의 흐름에 참여한 것 같아서 안타깝고요.
제 호불호와는 무관하게 대세이기 때문에 임팩트 팩터 위주로 글을 썼습니다.
21/10/14 22:46
수정 아이콘
네. 사실 저널의 평가에 대해 제대로 얘기하자면 아주 복잡해지죠... 그렇다고 또 얘기를 한다고 해도 사람마다 받아들이는 게 다 달라서 생각하면 할수록 더 어려운 이야기인듯 합니다.

약간 제 댓글이 트집을 잡는 뉘앙스로 작성된 거 같아 노파심에 한 마디 덧붙이자면 해바라기 님의 글은 전체적으로는 많은 노하우와 꿀팁들을 잘 녹여낸 아주 도움이 되고 훌륭한 글이라고 생각합니다. ^^
Weinberg
21/10/15 03:15
수정 아이콘
많은 분야에서 좋은 연구보다는 어떻게해야 네이쳐 하나 더 쓸까 고민하는 거 보면 좋아보이진 않죠
항즐이
21/10/14 16:53
수정 아이콘
Endnote 쓰다가 zotero 거쳐서 이제 Mendeley에 정착했습니다. 온라인에서 논문 서치하다가 바로 집어넣고 하는데 장점이..
항즐이
21/10/14 16:54
수정 아이콘
LateX는 쓰기가 좀 귀찮아서 mathtype을 썼는데 얘도 이제 이상한 형태로 버전업돼서.. 짜증나네요
항즐이
21/10/14 16:59
수정 아이콘
그래프는 요즘 공대생들은 R ggplot2 패키지를 많이 쓸 텐데.. 뭘 쓰건 진짜 잘 만지지 않으면 알아보기만 힘드니 그냥 엑셀/파워포인트나 포토샵으로 핵심만 요약한 그래프를 따로 그리는게 제일 퀄이 좋죠. 다만 귀찮아서 그렇지
Dr. ShuRA
21/10/14 17:52
수정 아이콘
여기 맛집이네요 크크크 잘 읽고 갑니다 잠시 PTSD로 머리가 아찔해지긴 했지만 괜찮습니다
Coin_Toss
21/10/14 21:27
수정 아이콘
정성스런 꿀팁 감사합니다. 추천 드리고 와드박고 가겠습니다!
놀라운 본능
21/10/14 21:50
수정 아이콘
이런 훌륭한 대학원생이 있다니
방과후계약직
21/10/15 00:33
수정 아이콘
수고많으셨습다
재물조사
21/10/15 14:49
수정 아이콘
논문 업셋을 기다리고 있는 입장에서, 좋은 꿀팁이네요. 엔드노트 쓰다가 포기하고 폴더별로 정리 중이었는데, 다시 도전해봐야겠군요.
새강이
21/10/15 23:28
수정 아이콘
좋은 글 감사합니다. 논문뿐 아니라 다른 글을 쓸 때에도 배울 점이 많은 글이네요.
연구하느라 수고많으셨습니다.
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