1. 8권 <나이트 바론 살인사건>
란이 신이치에게 "만약 친한 사람, 예를 들어 아가사 박사가 범인이라면 어떻게 할 것이냐?" 라고 묻고, 신이치는 범인이 아니라는 증거를 필사적으로 찾아본 뒤에도 범인임이 확실하다면 아가사 박사 앞에서 당신이 범인이라고 밝힐 것이라고 한다.
이거슨 아가사 보스설의 복선.

2. 24권 <검은 조직과의 재회>
보스가 진에게 피스코 살해명령을 내렸는데, 이때 피스코의 현 상황과 피스코가 살인을 한 증거가 신문에 실릴 예정인 것을 알고 있는 사람은 코난과 뉴스 양쪽으로부터 정보를 받고 있던 아가사 박사 뿐이다.
이거슨 아가사 검은조직 연루설의 증거.

3. 25권 <탐정단 위기일발>
바로 이전의 사건에서 APTX4869의 데이터를 백업한 디스크는 주류창고에서 불타서 없어졌다고 했다. 하지만 하이바라의 책상 위에 그을린 디스크가 3장 보인다. 코난이 하이바라를 데리고 빠져나간 뒤에 주류창고에 남아있던 사람은? 진.
26권에서 갑자기 일시적이나마 커질 수 있을만큼의 해독제가 갑자기 나타난 것은 이것으로 설명가능하다.
이것도 아가사 검은조직 연루설의 증거.

4. 29권 <버스 납치 사건>
진이 "검정과 검정이 섞여봐야 검정일 뿐이야." 라고 말하고, 곧바로 아가사가 기침을 하는 장면이 나온다.
이거슨 멀리서 남이 내 얘기할때 재채기를 한다는 일본 만화의 클리셰.

5. 37권 <남아있던 소리없는 증언>
"조직이 요구하는 것은 실력있는 과학자, 발명가, 프로그래머."
이거슨 모두 아가사의 능력.

6. 42권 <보름달 밤의 더블 미스터리>
보스가 베르무트에게 "내가 너를 너무 풀어줬구나. 돌아와라." 라고 메시지를 보낸다. 그런데 베르무트가 선상파티에 수작을 부렸다는 것을 진이 알고 있는 것을 보아 베르무트는 이를 보스에게 보고했다는 뜻이 된다. 그럼 보스가 베르무트에게 "너를 너무 풀어줬구나" 라고 한 것은 베르무트가 보스에게 무언가 보고하지 않은 것이 있다는 것이다. 그건 베르무트가 코난의 정체를 눈치챘다는 것이라고 추정 가능하다. 그런데 베르무트가 코난의 정체를 눈치 챈 증거는 선상파티 초대장 뿐이다. 그리고 그것을 본 사람은 코난 본인과 아가사 뿐이다.
이거슨 아가사의 검은 조직 연루설의 증거.

7. 극장판 5기 <천국으로의 카운트다운>
아가사 박사의 10년 뒤 모습은 변함없음.
이거슨 불로불사의 증거.
현장에 없던 워커가 "빠져나온 것은 애 5명과 노인네 1명" 이라고 보고한다.
이거슨 현장에 검은 조직의 조직원이 있다는 증거.

8. Aunt Agatha라는 칵테일이 있다.재료는 '진'+보드카
이거슨 아가사의 검은 조직 연루설의 증거.

9. 그런데 작가가 아니래.

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10. 응?